SSB Statistics for Systems Biology

PhD theses in preparation:

• Bérard, C. Utilisation de données à haute densité pour l'annotation des génomes. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
• Devillers, H. Statistiques des alignements de génomes complets. PhD thesis, Université d'Evry-val-d'Essonne.
• Finkler, A. Modèles d'évolution nucléotidique à contexte dépendant. PhD thesis, Université Louis Pasteur, Strasbourg.
  
• Latouche, P. Classes empiétantes et modèles de mélange de graphes. PhD thesis, Université d'Evry-val-d'Essonne.
• Rigaill, G. Analyse statistique de données à haut débit sur les protéïnes kinase : application au cancer. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
• Volant, S. Modèles statistiques pour l'analyse des données transcriptome d'origine tilling-array. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.
• Zanghi, H. Classification automatique incrémentale de documents hypertextuels. PhD thesis, Université d'Evry

PhD theses:

• Grelaud, A. (2009). Méthodes sans vraisemblance appliquées à la détection de sélection darwinienne et à la prédiction de structure 3D de protéine. PhD thesis, Université Paris IX, Dauphine. [pdf]
• Bourguignon, P.-Y. (2008) Utilisation des chaînes de Markov à longueur variable pour l'étude de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Evry.
• Célisse, A. (2008) Tests multiples et validation croisée. PhD thesis, Mathématiques de la région Paris-Sud / Université Paris 11. [ .pdf ]
• Vergne, N. (2008). Chaînes de Markov régulées et approximation de Poisson pour l'analyse de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Evry-Val-d'Essonne. [ http ]
• Roquain, E. (2007). Motifs exceptionnels dans des séquences Hétérogènes. Contributions à la théorie et à la méthodologie des tests multiples. PhD thesis, Université Paris XI.
• Lebre, S. (2007). Analyse de processus temporel d'expression de gènes. PhD thesis, Université d'Evry-Val-d'Essonne.
• Guedj, M. (2007). Méthodes statistiques pour l'analyse des données génétiques d'association à grande échelle. PhD thesis, Université d'Evry. [ .pdf ]
• Mary-Huard, T. (2006). Classification supervisée par SVM: application aux microarrays. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]
• Touyar, N. (2006). Etude statistique des répétitions dans des séquences biologiques. PhD thesis, Université de Rouen.
• Picard, F. (2005). Process segmentation/clustering. Application to the analysis of CGH microarray data. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]
• Martin, J. (2005). Prédiction de la structure locale des protéines par des modèles de chaînes de Markov cachée. PhD thesis, Université Paris 7. [ .pdf.gz ]
• Richard, H. (2005). Problèmes de classification sur les séquences biologiques : prédiction de la localisation cellulaire des protéines. PhD thesis, Université d'Evry. [ http ]
• Robelin, D. (2004). Détection de courts segments inversés dans les génomes - méthodes et applications. PhD thesis, Université d'Evry. [ http ]
• Gusto, G. (2004). Estimation dans un modèle de Hawkes et application à l'étude de la corépartition de motifs le long d'un génome. PhD thesis, Université Paris XI.
•  Nicolas, P. (2003). Mise au point et utilisation de modèles de chaînes de Markov cachées pour l'étude des séquences d'ADN. PhD thesis, Université d'Evry.
• Nuel, G. (2001). Grandes déviations et chaînes de Markov pour l'étude des mots exceptionnels dans les séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Evry. [ .ps.gz ]
• Thébaud, O. (2001). Chaînes de Markov dérivantes et analyse de l'hétérogénéité du génome. PhD thesis, Université de l'Université René Descartes, Paris V. [ .html ]
• Mercier, S. (1999). Statistiques des scores pour l'analyse et la comparaison de sequences. PhD thesis, Université de Rouen. [ .ps.gz ]
• Muri, F. (1997). Comparaison d'algorithmes d'identification de chaînes de Markov cachées et application à la détection de régions homogènes dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps.gz ]
• Nicodeme, P. (1997). Alignement avec des Familles de Séquences Protéiques. PhD thesis, Université Denis Diderot, Paris VII. [ .ps.gz ]
• Schbath, S. (1995). Étude asymptotique du nombre d'occurrences d'un mot dans une chaîne de Markov et application à la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps.gz ]

Habilitations:

• Matias, C. (2008). Statistique asymptotique dans des modèles à variables latentes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Evry Val d'Essonne. [pdf (french)]
• Nuel, G. (2006). PMC pour les occurrences de motifs dans les séquences markoviennes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Evry Val d'Essonne.
• Schbath, S. (2003). Deux approches mathématiques de l'analyse des génomes : statistiques des comptages de mots et prédictions en cartographie physique /  Two mathematical approaches to genome analysis: statistics of word counts and prediction in physical mapping. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Evry. [Compressed PS (french)], [Compressed PS (english)].
• Robin, S. (2002). Répartition de motifs dans des séquences d'ADN / Motifs distribution in DNA sequences. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Evry. [Compressed PS (in french but includes published papers in english)]