PhD / Habilitation theses

PhD thesis in preparation:

Lemler, S. Réduction de dimension en analyse de survie. Application en statistique génétique et génomique. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne

Whalley, J. Devenir d’un réseau biologique après duplication. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne

Kwémou, M. Réduction de dimension en régression logistique, application
aux données Actu-Palu. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne et IRD.

Nguyen, V.H. Modèles de mélange semi-paramétriques. Applications aux tests multiples en génétique. PhD thesis, Université Paris Sud Orsay.

Bouaziz, M. Développement de méthodologies statistiques pour la détection et la prise en compte des structures de populations dans les études génétiques d'association Genome-Wide. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.

PhD theses:

Léger, J.-B. (2014) Modélisation de la topologie d'un réseau d'interactions d'hôte-parasite par des graphes aléatoires hétérogènes. PhD thesis

Channarond, A. (2013) Recherche de structure dans un graphe aléatoire : modèles à espace latent. PhD thesis

Cleynen, A. (2013) Analyse de données NGS. PhD thesis

Charbonnier, C. (2012) Inférence de réseaux de régulation à partir de données du transcriptome non i.i.d. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.

Jeanmougin, M. (2012) Inférence de réseaux biologiques pour la caractérisation moléculaire de pathologies humaines à partir de données génomiques hétérogènes. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.

Volant, S. (2012) Modèles statistiques pour l'analyse des données transcriptome d'origine tilling-array. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.

Bérard, C. (2011). Modèles à variables latentes pour des données issues de tiling arrays. Applications aux expériences de ChIP-chip et de transcriptome. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.

Devillers, H. (2011). Statistiques des alignements de génomes complets. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne.

Latouche, P. (2010). Classes empiétantes et modèles de mélange de graphes. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]

Rigaill, G. (2010). Développements statistiques et algorithmiques pour l'analyse des cancers du sein de type triple négatif. PhD thesis, ABIES / AgroParisTech.

Zanghi, H. (2010). Classification automatique incrémentale de documents hypertextuels. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]

Finkler, A. (2010).  Modèle d’évolution avec dépendance au contexte et corrections de statistiques d’adéquation en présence de zéros aléatoires. PhD thesis, Université Louis Pasteur, Strasbourg. [pdf]

Grelaud, A. (2009). Méthodes sans vraisemblance appliquées à la détection de sélection darwinienne et à la prédiction de structure 3D de protéine. PhD thesis, Université Paris IX, Dauphine. [pdf]

Bourguignon, P.-Y. (2008) Utilisation des chaînes de Markov à longueur variable pour l'étude de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]

Célisse, A. (2008) Tests multiples et validation croisée. PhD thesis, Mathématiques de la région Paris-Sud / Université Paris 11. [ .pdf ]

Vergne, N. (2008). Chaînes de Markov régulées et approximation de Poisson pour l'analyse de séquences biologiques. PhD thesis, Université d'Évry-Val-d'Essonne. [ http ]

Roquain, E. (2007). Motifs exceptionnels dans des séquences Hétérogènes. Contributions à la théorie et à la méthodologie des tests multiples. PhD thesis, Université Paris XI.

Lebre, S. (2007). Analyse de processus temporel d'expression de gènes. PhD thesis, Université d'Évry-Val-d'Essonne. [http]

Guedj, M. (2007). Méthodes statistiques pour l'analyse des données génétiques d'association à grande échelle. PhD thesis, Université d d'Évry-val-d'Essonne. [ .pdf ]

Mary-Huard, T. (2006). Classification supervisée par SVM: application aux microarrays. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]

Touyar, N. (2006). Etude statistique des répétitions dans des séquences biologiques. PhD thesis, Université de Rouen.

Picard, F. (2005). Process segmentation/clustering. Application to the analysis of CGH microarray data. PhD thesis, Université de Paris XI. [ .pdf ]

Martin, J. (2005). Prédiction de la structure locale des protéines par des modèles de chaînes de Markov cachée. PhD thesis, Université Paris 7. [ .pdf ]

Richard, H. (2005). Problèmes de classification sur les séquences biologiques : prédiction de la localisation cellulaire des protéines. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [ http ]

Robelin, D. (2004). Détection de courts segments inversés dans les génomes - méthodes et applications. PhD thesis, Université  d'Évry-val-d'Essonne. [ http ]

Gusto, G. (2004). Estimation dans un modèle de Hawkes et application à l'étude de la corépartition de motifs le long d'un génome. PhD thesis, Université Paris XI.

Nicolas, P. (2003). Mise au point et utilisation de modèles de chaînes de Markov cachées pour l'étude des séquences d'ADN. PhD thesis, Université d'Évry-val-d'Essonne. [http]

Nuel, G. (2001). Grandes déviations et chaînes de Markov pour l'étude des mots exceptionnels dans les séquences biologiques. PhD thesis, Université  d'Évry-val-d'Essonne. [ .ps ]

Thébaud, O. (2001). Chaînes de Markov dérivantes et analyse de l'hétérogénéité du génome. PhD thesis, Université de l'Université René Descartes, Paris V. [ .html ]

Mercier, S. (1999). Statistiques des scores pour l'analyse et la comparaison de sequences. PhD thesis, Université de Rouen. [ .ps ]

Muri, F. (1997). Comparaison d'algorithmes d'identification de chaînes de Markov cachées et application à la détection de régions homogènes dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps ]

Nicodeme, P. (1997). Alignement avec des Familles de Séquences Protéiques. PhD thesis, Université Denis Diderot, Paris VII. [ .ps ]

Schbath, S. (1995). Étude asymptotique du nombre d'occurrences d'un mot dans une chaîne de Markov et application à la recherche de mots de fréquence exceptionnelle dans les séquences d'ADN. PhD thesis, Université René Descartes, Paris V. [ .ps ]

Habilitations:

Birmelé, E. (2011) Étude structurelle des réseaux : modèles aléatoires, motifs et cycle. Habilitation à diriger des recherches, Université d'Évry val d'Essonne.[pdf]

Devauchelle, C. (2011) De l'art de résumer pour tenter de comprendre en génomique évolutive. Habilitation à diriger des recherches, Université d'Évry val d'Essonne. [pdf]

Matias, C. (2008). Statistique asymptotique dans des modèles à variables latentes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry Val d'Essonne. [pdf (french)]

Nuel, G. (2006). PMC pour les occurrences de motifs dans les séquences markoviennes. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry Val d'Essonne. [http]

Schbath, S. (2003). Deux approches mathématiques de l'analyse des génomes : statistiques des comptages de mots et prédictions en cartographie physique /  Two mathematical approaches to genome analysis: statistics of word counts and prediction in physical mapping. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d' d'Évry-val-d'Essonne. [PS (french)], [PS (english)].

Robin, S. (2002). Répartition de motifs dans des séquences d'ADN / Motifs distribution in DNA sequences. Habilitation à Diriger des Recherches, Université d'Évry-val-d'Essonne. [PS (in french but includes published papers in english)]